南安县丞和主簿二人因为杀人事件败露而仓惶出逃，这会儿也顾不了许多了，乘上停泊在晋江中的一艘属于他们的走私船，匆匆逃至外海。虽然被巡逻船只发现，但船上没有火炮，仅有些老旧的鸟铳，离得太远也打不着，只能紧紧追赶。可巡逻船上的团勇毕竟不如走私船的水手老练，襙帆水平差得太多，不一会儿走私船便向西远遁，在大海上不见了踪影。
虽然这两个凶手没能抓到，但南安县的其他走私商人却受到极大震慑。县丞和主簿向来是他们的主心骨，这俩人跑了，他们怎么办？还要不要继续耗下去？
熊汝霖趁此时机，在县衙门口张贴告示。一是把二人的罪恶行径公之于众，接受全县百姓的唾骂；二是告诉其他走私商人，现在是最后的机会。只要马上在市舶所注册登记，即使是已经出去走私的船，也既往不咎，以后仍可正常贸易。否则法度俱在，绝不容情。
这些走私商人聚在一起一商量，返回南安的船一旦被市舶所抓住，损失太大，县丞和主簿就是前车之鉴。再说商船在家里停了半个多月，这个损失可比在市舶司登记，然后照章纳税、正常贸易大多了。虽然还是不情愿，但两害相权则其轻，还是先登记了，让船先出海再说吧。
至此，市舶所终于打开了局面，南安县的走私商船开始陆续前来登记。这就是一项比较稳定的收入了，据熊汝霖估算，正常情况下每月来南安的商船至少有十几艘，每艘船缴税一百五十两的话，这就是三千两，完全可以养住民团了。当然，用市舶所的税银支付团勇的薪水，这只是权宜之计，也是朱由检特批的。因为朝廷现在无力管理海疆，不得不重用团勇。待到海不扬波的太平时节，一切步入正轨以后，税银自然是要上缴国库的。
当然，熊汝霖招募了这么多团勇，每月支付这么多薪水，可不是让他们光在南安县巡逻的。现在民团已经通过罚没拥有七艘海船，也采购了一些武器，培养了一批水手。下一步的主要任务，就是主动出击，搜寻并剿灭海盗了！
福建沿海大小岛屿星罗棋布，海匪众多。郑芝龙当然是最大的海盗势力，但他现在把重心放在台湾，而且从福建出海的走私船大多属于郑氏一系，他总不能自己抢自己，因此在这一带并不怎么活动。
但除了郑芝龙以外，还有不少小股的海盗。这些海盗一般盘踞在海岛上，他们不敢抢郑芝龙的武装商船，却经常劫掠沿海百姓的渔船，还时不时上岸打家劫舍。陆上的官军一来，他们立马乘船出海，返回海上老巢，官军因为没有船只，只好望洋兴叹。
这些小海盗虽然不如郑芝龙厉害，但为害也很严重。郑芝龙以走私为主，以赚钱为目的，别人也惹不起他，所以很少杀人。小海盗却不同，他们最爱干的勾当就是趁夜登陆，血洗村庄。嘉靖年间倭寇猖獗，福建沿海也闹倭寇，其实真正的日本人很少，大部分是这些本土的小海盗，俗称“假倭”。