在一个平凡的城市里，茫茫平房之中，一座八十多层的摩天大厦显得尤其显眼，三个金光大字就屹立在楼顶之上，但是却很少有人能够有幸看得到这三个字，只有过往的飞机才偶尔能够近距离看到三个大字的冰山一角:任天堂。任天堂，孰人不知孰人不晓？这是一个非常厉害的日本大公司，出品了数不胜数的精彩游戏，而其中最为耳熟能详的，莫过于他们的王牌游戏，一代人的童年回忆史诗经典:口袋妖怪！
某一天，从表面上看这栋大楼风平浪静，其实内部已经炸开了锅。一个研究员模样的眼睛男嘶声大喊:“沈经理不好了，游戏出现未知错误！”一个肥头大耳的男人缓缓走过来，目光犀利地喝道:“废物！堂堂名牌大学计算机专业尖子生博士后毕业，居然连这种小问题也解决不了，真是白领我们的工钱！难道查杀病毒这种简单的问题也要我来教你吗！”另一个女研究员说:“不，沈经理我们几乎试过了所有，杀不掉！”那个男人有些诧异地说:“怎么可能？我们公司可是拥有全世界最先进的安全系统！区区病毒查杀不掉岂不是叫人笑话！”此时又一个干瘦的男人走进来说:“沈经理，你可记得病毒角色？”
沈经理愣了一下，然后迟疑地说:“罗副经理，你的意思是说……他们终于动手了？”罗经理点了点头说:“没错，掐指一算的确是半年之期期满了吧？如果真的是他们做的，任何安全系统也拿他们没办法！”沈经理着急地说:“可恶，我居然忘了这么重要的一件事！眼看研发工作就要完成了，难道我们这么久以来的心血就要这样功亏一篑了吗！”罗经理很冷静的样子，淡定地说:“沈经理不用急，我还有一个办法……”
在一间很普通的房子外，几个人带着大包小包，似乎是准备出行的样子，那个年长一些的女人朝着里面喊道:“智杰，我们要去东南亚旅游一个月，这个月就拜托你看家了，厨房里有足够的方便面，记得要照顾好自己！”呆在屋子里的孩子不耐烦地说:“好了啦老妈，你已经说了好多遍了！”只见这个孩子双眼清澈如泉透着一股纯真，全身的皮肤并不是很黑但也算不上白，体格偏孱弱。那些人提着行李离开了，那个叫做“智杰”的孩子无力地瘫软在沙发上，或许大家会有疑惑为何他家人都去旅游休闲却留他在家看家？他拿出一沓纸片，这是……期末考卷还有成绩单！上面白纸黑字，成绩赫然印在上面:高智杰，语文62，数学71，英语39……总之没有一科是及格的，也难怪为何会被留下看家了。高智杰叹了一口气，他已经十七岁了，但是却还从来没有出去外面见识过世面，就如同一只井底之蛙一般对外面的世界充满了好奇。他之所以不能出去游玩并不是家里没钱，而是老爸老妈非常看重成绩，他们显然对自己的成绩非常不满意，所以从来没有带他出去旅游过，而身为尖子生的姐姐却几乎要逛遍了世界的每一个角落，这样偏心哪个孩子受得了！但是，不管受得了受不了还不是得受着，高智杰只有以叹气来表达自己的愤懑。
高智杰到各个房间走了一圈，父母实在是太苛刻了:电脑上了新的密码锁着令他无计可施，psp，nds，3ds，gba之类的娱乐设施全部都被锁在保险箱与小杰“隔海相望”，这要叫人如何这样度过无聊的一个月啊，难道这暑假就要在练习册中度过了吗！此时高智杰在阳台上看到他的几个死党从门口经过，小杰招呼他们：“嘿，你们去哪呢？”他们回答:“嘿，小杰，我们现在准备去网吧啦！”小杰心想这样也倒不失为一种消磨时间的好办法，于是满心期待地问:“请问，可以带我一起去吗？”网吧这个地方小杰是憧憬已久，虽然他的成绩不好，但一直都是一个老实的孩子，从来没进过网吧这样的“不法之地”。可是不去归不去，他老是听说在网吧就可以找到无尽的快乐，自己居然没去过，显得自己格格不入，很想去见识见识那里到底是个什么神圣之地。但是进网吧需要身份证，他还未成年没有身份证，所以一直没进去过。那么与他同龄同样没有身份证的孩子是如何进去的呢？他听说只要有人带进去就行了，而此时就有这么个机会。可是他的好朋友却断然拒绝了:“说了多少次了，你去网吧玩神奇宝贝游戏很丢脸啊，难道你就不怕被人嘲笑幼稚吗？不行！你不怕丢脸我还怕被你丢了我的脸呢！”于是头也不回地走了，任小杰怎么呼喊也不回头。
小杰失落地坐在铺满瓷砖的地板上自言自语:“我只是喜欢神奇宝贝……这也有错吗？难道大孩子……就不能喜欢神奇宝贝吗！可是我除了神奇宝贝以外也没有爱好了啊！”的确，在小杰三岁的时候他的舅舅就送给他一片神奇宝贝动画片的光盘，小杰那时候就被那些或可爱或凶猛的神奇宝贝深深吸引住了，从此一发不可收拾地迷恋上了神奇宝贝，他不断地追看没看过的每一集神奇宝贝动画片，并且爱屋及乌地喜欢上了口袋妖怪这个游戏。小杰的gba、nds之类的娱乐设施里面只有神奇宝贝的游戏，上电脑他也只是玩神奇宝贝的游戏和看神奇宝贝的动画片，几乎没有其它爱好。小杰看了看床头的书柜，还有一大摞书籍，全部都是神奇宝贝图鉴、神奇宝贝游戏攻略以及神奇宝贝漫画之类的有关于神奇宝贝的各方面书籍，这些都是他对神奇宝贝满满的爱之体现啊。小杰拿了一本坐到床头说:“看来这一个月只能拜托你了……”于是认真地看了起来，完全不因为这本书已经被看了很多次而感到厌烦。
家里的大钟当当当地敲了七下，已经是晚上七点了，小杰居然不知不觉中看了好几个小时。小杰放下书自言自语说:“马上就要八点了，赶紧吃晚饭！”为什么小杰这么注意八点的时间呢？因为每天晚上八点电视上是会有神奇宝贝最新剧情的直播的，小杰作为资深神奇宝贝迷当然不能错过。
小杰经过一番折腾狼吞虎咽吃完饭看了看时钟，七点五十，还有十分钟。小杰打开电视，果然，还是广告。小杰不敢换台，因为他怕换了台就会错过任何一个精彩瞬间，于是耐心等待着。突然一个以前从来没看过的广告映入眼帘。
只见一位穿着艳丽的女子站在一台机器前进行解说:“你是神奇战斗迷吗？神奇宝贝实体作战器，让你进入神奇宝贝世界真正体验神奇宝贝的强大。活动期间免费试用，名额有限快来体验！”根据广告最后的商标注明这是任天堂的广告。
能进入神奇宝贝的世界？这也未免太扯了吧？这年头骗子手段未免太“高明”了，谁会相信这种鬼话啊……小杰等的神奇宝贝动画片来了，但是他却无心去看，真的可以进入神奇宝贝世界吗……小杰经过一番思想斗争决定明天去看看！反正自己也没什么油水可捞，基本上不会吃什么亏……
第二天小杰难得地起了个大早到了目的地，场上真是人山人海……天啊，这么多人都想一探究竟吗，那要猴年马月才能轮到自己？小杰正在心里打着小九九，突然一个声音讲他的注意力抓了回来。“大家淡定！”一个漂亮的女主持走出来了，很明显这正是广告上的那个代言人！“大家好我叫刘红玉，现场的主持人。没想到大家的热情高涨啊如此热烈地响应，我们为此感到万分荣幸。但是人数远远超过了我们的想象，而名额有限，所以我们决定举行一场比赛，只有获得冠军的选手才有资格使用我们的机器进入神奇宝贝世界冒险！大家一起翻滚起来吧！”