皇家科学院作为大明基础性研究的地方，是理论科学的重要输出地，也因此，朱由校对皇家科学院的干涉反而要比皇家工程院要小得多。
朱由校也没有指望着皇家科学院能在短时间内给自己带来什么经济上的盈利，他只希望大明的皇家科学院在科学理论建设上赶超西方，甚至超过西方。
也只有科学理论和观念上领先了世界，在下游的科学研发才能取得进步，并使得国力远远超越其他帝国。
大明现在还没有完全脱离世界前列的轨道，一切都还来得及，而皇家科学院则要作为追赶与超越的引擎，虽然也花了朱由校的不少的银子，但带来的前景却是令人遐想。
比如茅元仪的蒸汽机一旦建成，肯定会改变整个国家的工业模式，以人为主的生产模式将改为以机械为主。
而人更多的精力将更多的应用于知识的革新与技术的进步和，当然还有战争的延伸。
不过，现在皇家科学院的人并不多，到现在院士也没到三十人，其中大多数一些好杂学旁收的老儒或者退休官员。
但这也是没办法，在一个儒家体系的王朝里，要想找几个搞科学的实在是难上加难，就这三十来个也是徐光启自己去民间召集到的，其中很多都是不被人重视甚至被人奚落的离经叛道之徒。
好在，现在的皇帝陛下朱由校跟他们一样“不务正业”，使得他们有了领着俸禄钻研自己兴趣的机会。
新思想的活跃，对程朱理学提出质疑也算是晚明社会少有的亮点，朱由校要做的就是将这个亮点放大，并使得大明在思想领域上来一次三千年之未有之大变局。
而不是让这股新思潮到清朝后就戛然而止，最后甚至自留下一堆奴才和麻木不仁的世态人心。
徐光启现在对孟德尔的遗传学定律简直是痴迷到了茶饭不思的地步，甚至在从朱由校提供的资料中得知孟德尔的豌豆自交实验后他自己还专门做了茉莉花的自交实验，但他惊讶的发现当花斑色茉莉花自交后却出现了白色、绿色、花斑色三种颜色的茉莉花。
朱由校一来皇家科学院，他就找到朱由校并有些质疑地提起这事来：“陛下，这叫孟德尔的人所说的不对啊，这要是真有什么他所说的那种什么遗传因子和遗传定律，这种杂色的茉莉花其后代也应该表现为绿色和白色，而且是三与一的比才对，怎么就出现了三种颜色。”
朱由校很想告诉徐光启，这茉莉花的花瓣颜色不是细胞核内基因决定，而是由细胞核外遗传物质决定的，而孟德尔的遗传学定律是针对细胞核内等位基因的。
不过，朱由校相信，徐光启只怕听了更加不懂，坦白讲，生物学研究搁在现代也还未得到大规模产业应用，算得上朝阳科学，很多理论体系都还未完全建立，更何况现在连理化科学都还只是处在启蒙阶段的大明朝，即便是西方的孟德尔提出这个分离定律与自由交换定律也是到十九世纪中叶以后的事。
但既然是皇家科学院，追求的就不是利益，而是科学的进步，因而朱由校并不打算阻止徐光启在生物学上越走越深的步伐。