青州（山东大部）和徐州（江苏北部和中部）虽然在地形上十分相似，几乎都是大平原，但徐州的水域覆盖率比青州高得多，河网密布，遍地到处都是大大小小的溪河、湖泊、水塘，因此，青州更适合种植小麦、高粱，徐州更适合种植水稻，于是，徐州当地农民非常频繁地在水里劳动，继而大面积地感染上了血吸虫病，至于台湾郡、海南郡，跟徐州情况是一样的。
治疗血吸虫病的最佳良药是吡喹酮，此时自然是没有的，张机等人反复研究，发现青蒿、艾草对感染了血吸虫病的病人有着一定疗效，孔明发挥他的“超越历史的智慧”，指点张机：血吸虫病的罪魁祸首是一种叫“血吸虫”的病虫（寄生虫），钉螺是血吸虫的主要中间宿主。
想要根除血吸虫病，必须做到：
第一，组织民众在生活区域内和附近的水域内全面地扑杀钉螺，喝水必须经过烧开煮沸；
第二，向民众普及防御血吸虫病的知识，不允许在有钉螺分布的河水、湖水里游泳嬉戏；
第三，因劳动生产而不可避免接触存在钉螺的河水、湖水的人，事先要用油膏涂抹身体，官府免费分发油膏，从而防止在水中被血吸虫感染；
第四，已经感染血吸虫病的病人必须对其进行隔离治疗，其粪便、呕吐物、汗渍污垢等必须深埋并且用生石灰进行消毒处理，不能直接倒入水中，健康人必须养成良好的卫生习惯；
第五，不服从官府安排、破坏预防和治疗血吸虫病的人，一律驱逐出齐鲁。
经过孔明的“指点迷津”，张机找到了治疗血吸虫病的正确方向，进度得到极大的加快。
孔明虽然爱民如子，但他同时也是很爱惜自己的小命的，因此他没有在疫区多待（孔明可不想得血吸虫病），很快就离开了徐南疫区，前去青岛郡巡视青岛造船厂和齐鲁军水师的主要战船，另外，他想起了一件非常重要、非常重大的事情。随即，孔明对齐鲁下达了严令：
第一，家家户户都要养猫；
第二，养狗必须受到限制，家犬只能在主人家里活动时可以解除绳索，一旦出门，必须戴上项圈、系上绳索，不允许家犬在户外随意活动，一旦发现户外犬，一律视为野狗，将其当场捕杀或送往养狗场充当肉狗。
孔明的这两大法令是为了对付两种可怕的疾病：鼠疫、狂犬病。
鼠疫又叫黑死病，是一种恶性的、烈性的、急性的传染病，病菌由鼠虱传播，老鼠正是鼠疫病菌的最主要的携带者。在眼下这个时代，自然没有医药可以救治鼠疫患者，但能做到预防，灭鼠就是最有效的预防措施，只要不存在大规模的鼠群，鼠疫就传播不开。自然而然，养猫就是最好的办法。历史上，欧洲人对黑死病谈之色变，因为黑死病差点儿摧毁整个欧洲，灭绝欧洲人，陆续持续了差不多三百年的黑死病夺去欧洲几千万条甚至上亿条人命。之所以鼠疫横行欧洲，其中一个重大的原因就是当时的欧洲人认为“猫是一种邪恶的妖灵”，从而不遗余力地捕杀猫，导致欧洲各地几乎无猫，致使老鼠疯狂地繁衍，给欧洲人带去了黑死病。
至于狂犬病，更加无需多言，允许百姓养狗，但不允许狗到处乱跑，就可以杜绝狂犬病。
无论是鼠疫还是狂犬病，在这个时代都没有有效的医治药物和办法，但是，只要普及了卫生知识，让老百姓人人讲究卫生，改掉不良的生活习惯，就可以很有效地阻止瘟疫的产生。比如，孔明派遣宣传人员，告诉老百姓“老鼠身上有一种病虫，可以传给人，让人得上非常可怕的瘟疫”“有的狗的身上有‘狗瘟’，疯狗一旦咬了人，就会让人得上非常可怕的‘狗瘟’”，如此，老百姓自然积极地养猫、灭鼠、合理地养狗。
这年头，四处巡视是一件很痛苦的事情，因为舟车劳顿，长时间乘坐马车会把人给颠得骨头快要散了，究其根本，马车的车轮是木制的，而不是弹性很好、具有很大减震力的橡胶。按道理，孔明已经得到了四季如夏的海南岛，可以种植天然橡胶了，但可惜，天然橡胶树的原产地是太平洋对岸的南美洲亚马逊雨林，海南岛虽然可以种植橡胶树，但根本没有橡胶树。
由于孔明高度重视造船业的发展并且为此投入了巨额的人力、财力、物力，陆续建立“黄河造船厂”、“长江造船厂”、“青岛造船厂”这三大造船厂，因此，齐鲁的造船业就像齐鲁的军工业一样发展飞速，招募了、吸引了来自全国各地的造船工匠，也培养出了一批批新生的造船好手，使得齐鲁的造船业独步全国，三大造船厂都有上万名工匠，青岛造船厂工匠最多，达到数万之众。说起来，华夏古代造船业的规模和技术先进水平在世界古代都是位居一流的，早在春秋时，华夏人就使用专门设计、专门打造的战船进行大规模的水战甚至海战了，比如，春秋时的楚国与吴国在长江中下游和太湖水域内曾多次爆发水战，后来，吴国水军还凭借着强大的战船优势，船队沿着海岸线一路北上，攻打齐国，与齐国水师在黄海海面上展开海战，这些史料都是华夏古代造船业规模庞大、技术先进的证明，此时得到孔明的大力支持，更是呈现出烈火烹油、鲜花着锦之势。
杜畿等造船专家没有让孔明失望，他们根据黄河、长江、大海的特点，规划出两大造船理念，分别用于在黄河长江上和在大海上，前者以“平底船（也叫沙船）”为主，后者以“尖底船”为主。
平底船的优点是结构简单、成本较低、载运量大，缺点是稳定性较弱、抗风浪能力较差；
尖底船的优点是稳定性较强（因为重心降低到了吃水线下）、抗风浪能力较强，缺点是结构较为复杂、制造难度较大、制造成本较高。
很显然，平底船适合在内陆的江河湖泊里航行，尖底船适合在大海上航行。大海上风大浪急，平底船很容易翻倒倾覆，尖底船则不会。由于华夏人从古至此时还未真正地走向大海，因此，华夏的战船以平底船为主流，在此时（东汉末年），华夏的战船被称为“楼船”，这是一种大型平底船，船舱可以达到四层，船体长度达到十丈以上（大约35米），在隋唐时已经发展到五层，被称为“五牙大战船”，船体长度超过50米——不过，正因为高度太高，达到四五层楼之高，所以重心不稳，只能在内陆水域内航行，一旦到了大海上，立刻被风浪掀翻。
杜畿等造船专家一方面改进华夏已有的平底船，一方面研制华夏此时还不太流行、不太受到重视的尖底船，因为有孔明的“指点”，尖底船的设计进度被大大地促进了，很多直到宋朝才有的尖底船的设计理念在此时提前诞生了，比如：尖底船采用单龙骨结构，头尖尾方、船身扁阔，并且使用了隔水舱设计（齐鲁的平底船也使用了隔水舱设计），使得船的抗沉性得到了飞跃性的提升——西方直到十八世纪才出现华夏人早在宋朝就设计出的这种尖底船。