在征服安南之前，朱海涛觉得还是先对国内进行一番改革，以便增强大明政府的行政能力。
过去大明刚刚建立的时候，领土规模很少，人口也很少，因此地方政府就以省（府）、乡镇、村三级，但是现在，大明已经将领土扩大了好几倍，人口也增加到了接近四百万。随着时间的流逝，这种简陋的行政体制的弊端逐渐凸显出来了。
最终确定，大明王国的地方政府，按照省（府）、市县、乡镇、村四级体制。省和府平级，市和县平级，乡和镇平级。这样的行政体制，比较简洁，能够减少不少不必要的官员，减轻政府的负担。
现在大明就只有两个府，分别是位于棉兰老岛上的奉天府和位于吕宋岛上的承天府。这两个府先后是大明的首都，地位当然重要，因此才会被单独提出来。以后朱海涛规划大明要有四个府，分别是奉天府、承天府、顺天府和应天府，这也和前明的体制是一样的。位于南洋的这两个府，以后也是要进行撤销的。不过，他们以后还是很重要的城市。
省就有很多了。其中，棉兰老岛作为大明再起的首发之地，政治意义当然重要，因此才被命名为大明省。吕宋群岛则被命名为吕宋省，苏拉威西岛被命名为南洋省，爪哇岛被命名为爪哇省，苏门答腊岛命名为金洲省，因为它在古代出产黄金，而在中国典籍上被命名为“金洲”。婆罗洲因为在南洋群岛的面积最大，单独设立一个省有些不妥，因此被南北分为了北婆罗洲省和南婆罗洲省。而在马来半岛，朱海涛则设置了马六甲省。
现在的苏门答腊岛和爪哇岛上面，以及苏拉威西岛上面，除了驻扎在上面的大明军队之外，就没有多少华人了。这三个地区，还处于军事管制的期间。不过很快随着土地的整理，这里的华人数量会很快提升起来的。
大明的政府体制，就这样被确定下来了。剩下来的事情就是任命各级官员，只是现在大明初建，各项人才都很缺乏。都说万事开头难，大明才重建两年多，一切还都需要很长的时间才能磨合完成。不过，经过两年的征战和建设，大明的骨架算是搭建起来了，现在无非要做的就是在里面添加血肉罢了。
另外，就是进一步完善军队体制了。大明军队已经经历过多次调整和改制。现在已经形成了十二个师，多只岸防部队，海军则有四大舰队，其中第四舰队已经开始组装了。除此之外，还有一个预备舰队，主要是负责训练海军学院毕业的官兵们，还有清除南海海盗的职务。还有为大明军队服务的科研机构、学校和兵工厂等。
这些军队总共也就在十五万人左右，相比于大明现在的人口，比例差不多为二十多比一，完全算不上有多么的穷兵黩武了。当然，还有相当的治安力量用来看管那些被关押的土人，有了他们的劳动力保障，大明才不会爆发劳动力短缺的危机。当然，随着大明的进一步扩张，军队的数量估计还是需要进一步的扩大规模的。随着大明王国的人口越来越多，兵源也会越来越多，根本就不用害怕兵员的枯竭。
一些军队体制上面的细节被再次完善了之后，攻略安南的计划就开始展开了。