再到更后面，民国6年9月12日，臧致平大放光彩，担任漳汀镇守使这个职位，这也是他政治生涯极为重要的一步，第二年移驻厦门被提升为福建第二师师长，部队归属皖系李厚基管辖。
民国11年，他更是因为军人出身，说话做事爽直，看不得一点龌龊，所以大张旗鼓的反对李厚基、陈炯明联省自治，无奈被削去师长职务。
一气之下就投靠同为皖系的芦永祥。在他的支持下，臧致平信心暴涨，便果断在11月7日晚上发动倒李厚基兵变，果然不出其预料，李厚基兵败被俘，他也没把李厚基怎么样，只是把他驱逐出福建了，然后臧致平自任闽军总司令。
北洋政府看到他兵力强大，便想利用臧致平替他们卖力，立马以总统黎元洪的名誉任命臧致平为漳厦护军使，臧致平经过这么些年也看开了，这个政府就是个软脚虾，没什么卵用，这个世道，只有自己强大才是真的强大，便没有搭理北洋政府。
民国12年，北洋政府见臧致平鸟不鸟他们，恼羞成怒，于是便想要打压臧致平的嚣张气焰，便委任直系孙传芳去福建署理军事，也是间接限制臧致平的意思，臧致平自然不愿意自己辛苦打下的江山拱手与人，便和王永泉联名上电京城，摆明车马告诉北洋政府：福建不欢迎你的人。但是北洋政府没有搭理，苍鹰又怎么会管蚂蚁的抗议呢！所以孙传芳依旧派下来了，但是当孙传芳抵达南平的时候，臧致平亲自去福州和刘冠雄等人商量怎么阻止他，同调兵北上，联合王永泉一起抵御孙传芳，毕竟孙传芳不是单枪匹马来的。
但是王永泉不行，畏畏缩缩，甚至还投靠了孙传芳，臧致平一气之下在4月17日正式发表通电，反孙独立。并且4月30日在厦门召集福建各军将领举行联合讨伐孙传芳的军事会议。同年5月，因许崇智被陈炯明麾下的林虎率军击败，臧致平心中无奈，但是唇亡齿寒，只能率部救援。
谁曾想赖世璜、苏世安人也战败向林虎投降，许崇智又出了新状况，麾下军官黄大伟叛变，联军这下子腹背受敌，臧致平无可奈何，只能退守厦门，联军顿时宣告解体。7月，林虎、王永泉联合海军三面袭击厦门，就在多方受敌的危难之际，臧致平仍然坚持守护厦门，后来在孙中山派许崇智等人率军援助下，转危为安。
民国13年2月5日，臧致平知道了日籍浪民准备联络王献巨部武装袭击厦门，于是便下令警察收缴日籍浪民所携带的枪械武器，双方发生枪战，日籍浪民被打死7人。日本驻厦门领事趁机向臧致平提出惩凶赔偿，并电召日本军舰到厦门示威，国力孱弱，只能任小日本在我大中华的海域横冲直撞，但是臧致平没有妥协，最终通过协商手段解决此事。
之后孙中山为了巩固与闽军、海军的联盟，便和臧致平协商将厦门交给海军管辖，作为条件换取海军支持孙中山在福建活动，臧致平一向听从孙中山意见，没有一丝迟疑就交出厦门。芦永祥便将他和所辖军队编为浙江边防军，任命臧致平为边防训练处处长。