至于那些规章制度基本上是按照国民政府时期的国名党陆军军官学校一样，既然这次福建陆军军官学院建立了，冯庸觉得那些自清末流传下来的军官培养机制可以抛弃了，所以大手一挥，取消福建下属的那些武备学堂、陆军中小学堂一应停办所有师资力量集中到附件陆军军官学校，但这也并不是说这些就不要它了，恰恰相反，这些武备学堂、陆军中小学堂会改建为福建下属各市县的中级职业学校、小学、初中还有高中，本来就打算大肆兴办教育的他正好利用现有资源，但是还是有不少缺额，他的前期目标是每个县至少一所中职、高中，每个镇至少一所初中、两所小学，不得不说这个目标很强，能够和
日本的教育体系一拼了，这个时期的日本教育体系并不像后世那样完善。
最最重要的是他还另外建立了一个特殊作战学院，当然这个学院在表面上的称呼是政治工作人员培训学校，正式称呼是福建特殊作战军官学院，顾名思义，这个学院培养的不是正规作战人员，学院一共就三个系，特种指挥系和特工作战系与狙击系。可以这样说，如果福建陆海空军三所学院是军队的基础，那这所学院培养的就是重量级威慑人员。
特种指挥系培养的是特种部队，而这种部队在世界上还没有先例，但是冯庸很早就在独立团建立了类似性质的部队，要说世界上最接近后世特种部队的莫过于独立团的侦察营，因为侦察营是冯庸利用自己的知识塑造的一直“超级部队”，而这只部队的每个战士都是原来就身负特殊才能的人，所以特种指挥系是由侦察营的一批军官来兼任教官，特种作战要指专门执行秘密突袭、破袭敌重要的军事、政治、经济等目标的战斗和其他特殊作战，被誉为非常规方式作战，可以利用一切可以利用的手段和方式来确保战争的胜利和任务的完成他们需要掌握特种作战知识、敌军知识、军事高科技知识、战场外语、军事地形学、野战生存技巧、捕俘技术、攀登技术、泅渡与操舟技术、各种车辆驾驶技术、破坏技术、破障技术、通信技术、各种武器射击技术、各种战斗装备的使用技术，毋庸置疑，他们每个人都必须是肯定是多面手。
特工作战系，不用想就知道这是培养特工的，特工是自古以来就有的部队，后世也叫秘密警察、政治警察，这方面在国内也找不到专门的人来教授，所以冯庸也从德国请了几位教员过来，特工是一个意思非常不明确的词汇，可以肯定地说，特工，仅仅是对某一类人的称呼，但不是一个确定的职业，他们经过训练，必须掌握外语、心理学、格斗、风土人情、追踪与反追踪、情报网的建立和管理等能力，然后进行长时间的实习执行特殊任务，通常以秘密方式执勤，因为需求不同所以岗位和任务也不一样，有内卫、对外，或者军事、经济、政治这些。
而狙击系这个是冯庸早就有的想法，在他刚建立部队的时候就买下了一批瞄准镜，自己派人改装了毛瑟98狙击步枪，也渐渐培养出来一些这种能力出众的射手，这个时代把这些射击能力超群并且执行狙击任务的士兵统称做狙击手，而后世就相对更为清晰的表述了这种概念。